Την άσκηση ποινικής δίωξης σε βάρος του πατέρα Αντώνιου Παπανικολάου ολοκλήρωσε μετά από πολύμηνη έρευνα η Εισαγγελία Ανηλίκων. Σύμφωνα με τη δίωξη, ο πατήρ Αντώνιος κατηγορείται για την κατάχρηση ανηλίκου κατά συρροή και κατ’ εξακολούθηση, καθώς φέρεται να έχει κακοποιήσει σεξουαλικά έναν 19χρονο πρώην φιλοξενούμενο της «Κιβωτού» και έναν 15χρονο που συνεχίζει να διαμένει σε δομή της οργάνωσης. Η κατηγορία που απαγγέλθηκε στον ιερέα είναι κακουργηματική, όμως το κατηγορητήριο περιλαμβάνει και μία σειρά από πλημμελήματα που αφορούν κατά περίπτωση τον ίδιο και άλλους επτά πρώην εργαζόμενους στην οργάνωση.
Σύμφωνα με το κατηγορητήριο, οι αξιόποινες πράξεις φέρονται να έχουν τελεστεί από τον Σεπτέμβριο του 2020 έως τον Ιανουάριο του 2022.Οι κατηγορίες που αντιμετωπίζουν κατά περίπτωση ο ιερέας και οι επτά πρώην υπάλληλοι της «Κιβωτού του Κόσμου» είναι οι εξής: βαριά σωματική βλάβη ανηλίκων κατά συρροή, επικίνδυνη σωματική βλάβη ανηλίκων κατά συρροή, απλή σωματική βλάβη κατά συρροή,απειλή σε βάρος ανηλίκων κατά συρροή, έκθεση ανηλίκων σε κίνδυνο κατά συρροή, ηθική αυτουργία σε όλες τις παραπάνω πράξεις (αφορά τον πατέρα Αντώνιο) και συνέργεια σε απλή σωματική βλάβη κατά συρροή (αφορά έναν παιδαγωγό σε δομή της επαρχίας).
Η ποινική δίωξη του ιερέα και ιδρυτή της «Κιβωτού του Κόσμου» έρχεται σε μία στιγμή που οι καταγγελίες για σεξουαλική κακοποίηση ανηλίκων διαδέχονται η μία την άλλη και έχουν προκαλέσει την αποστροφή της κοινωνίας. Κυρίαρχο αίτημα της συζήτησης που διεξάγεται σε σπίτια και σε δρόμους, όπου ο κόσμος διαδηλώνει, είναι η ταχύτερη δυνατή διαλεύκανση των υποθέσεων, η απόδοση δικαιοσύνης και φυσικά, η αποκατάσταση και υποστήριξη των θυμάτων κατά την κοινωνική τους επανένταξη. Δυστυχώς, αντ’ αυτού, παρατηρείται μία ανθρωποφαγική αντιμετώπιση των θυμάτων από τις αρμόδιες αρχές, τα συστημικά μέσα ενημέρωσης και μερίδα της κοινωνίας.